从定义上来看，生物肥料即为微生物肥料，是指含有活微生物的特定制品，应用于农业生产中，能够获得特定的肥料效应，在这种效应的产生中，制品中活微生物起关键作用。目前常见的生物肥料包括农用微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥。生物肥料可以活化并促进植物对营养元素的吸收。即常规意义上的解磷解钾固氮等功能，活化土壤，提高土壤肥力，增加植物营养元素的供给。同时可以产生多种生理活性物质，刺激调节植物生长。

  生物肥料的施用应注意两项基本原则，即近根和营养。生物菌肥的施用方法较多，主要有拌种、穴施、基肥、追肥、蘸根、种肥等。不同肥料对不同的作物有最适宜施用方法、施用量和施用时间。科学合理地施用生物肥料，在盐碱地区可以进行盐碱地改良项目。据资料显示，盐碱地是盐类集积的一个种类，是指土壤里面所含的盐分影响到作物的正常生长，根据联合国教科文组织和粮农组织不完全统计，全世界盐碱地的面积为9.5438亿公顷，其中我国为9913万公顷。我国碱土和碱化土壤的形成，大部分与土壤中碳酸盐的累计有关，因而碱化度普遍较高，严重的盐碱土壤地区植物几乎不能生存。而在盐碱地区施用正确的生物肥料，可以使生物肥料成为盐碱地的“克星”。

  生物肥料需向产业化发展， 有人认为，微生物肥料要想在众多商品肥料中占有一席之地，必须向产业化方向发展。而当前我国生物肥料发展的机遇与问题同时存在，尽管近几年来，国内的微生物肥料企业都有了一定的发展，但还不同程度地存在着以下问题，其具体表现如下：其一在工厂化生产中，普遍缺乏高效菌株，菌种资源缺乏，很多厂家的菌种都在利用同一个菌株，肥料品种单一，产生了一个菌种打天下的局面；另一方面，使用菌株不当也会带来安全隐患，一些厂家的生产菌种没有经过正规的鉴定就投入生产，也是一种不妥当的行为。其二生产设备陈旧。有许多生产厂是由已倒闭的小型酶制剂厂、味精厂、柠檬酸厂等改造而成的，其设备本身就效率低、能耗高，勉强生产，没有长远的发展计划。其三技术工艺落后。

  有些厂家认为只要有了微生物肥料菌种，有了相应的培养基就能够生产出微生物肥料，缺乏生产过程中的监控和检测手段，有的甚至还是小作坊式的生产方式。绝大多数生产企业本身不具备产品的技术创新能力，没有相应的研发人员，无法建立产品质量保障体系。其四生产管理水平较低。许多生产厂家没有一套完整的、健全的管理制度，也就没有建立真正的服务体系，无法获得良好的经济效益。其五市场上鱼目混珠，假冒伪劣屡禁不止。这些年来，一些所谓微生物肥料或生态肥料，一度统领江湖。尽管主管部门三令五申，要求各地清理整顿微生物肥料市场，但由于涉及地方、部门甚至小团体的利益，一些假冒伪劣微生物肥料产品仍充斥市场，严重制约了微生物肥料产业的健康发展。